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近日,我中心2017级博士生李祺与中国医学科学院肿瘤医院王攀博士以共同第一作者身份撰写的论文“MiRACLe: an individual-specific approach to improve microRNA-target prediction based on a random contact model”被Briefings in Bioinformatics接收并在线发表。Briefings in Bioinformatics影响因子8.990,是计算生物学和生物医学方法研究领域的国际顶尖期刊。我中心邓柯副教授与中国医学科学院肿瘤医院赫捷院士作为论文的共同通讯作者,联合指导了相关研究和论文撰写。

该论文提出了一种基于随机碰撞模型的miRNA靶点预测模型miRACLe,提高了microRNA(miRNA)的靶点识别的精确度和准确度,对于诊断和治疗具有重要的意义。miRNA的调控具有高度样本特异性,目前现有的模型对于特异性样本的计算准确度以及对诊断的辅助作用有限。本论文中的模型将多种miRNA和mRNA的序列信息以及表达谱信息进行整合,可以实现对单细胞或单样本表达谱的miRNA调控靶点预测,下图是该模型的计算流程图,其中矩阵即为该算法计算得到的miRNA-mRNA之间的miRACLe得分,基于此得分即可得到不同miRNA的靶点预测结果。

通过在多个数据集上对miRACLe和已有算法进行比较,论文发现该算法在预测精度、miRNA转染实验以及肿瘤相关基因的富集性分析等多个维度上均较已有方法有更好的预测效果,并且具有更快的计算速度。值得注意的是,miRACLe算法在多种不同的生物学背景,多种不同类型的表达谱以及多个验证数据集上的表现均一致优于已有方法。

最后,该论文还尝试将miRACLe的模型框架应用到其他多种基于序列信息的方法上,例如DIANA microT-CDS、miRanda-mirSVR和MirTarget4。结果表明通过使用miRACLe的算法框架与表达谱信息相结合,可以提高其预测精度和其他生物学表现,这也进一步拓展了该算法的应用范围。

论文网址:

https://academic.oup.com/bib/article/doi/10.1093/bib/bbaa117/5868068?guestAccessKey=9caf5322-b105-4bb8-95a9-e02ccf0b7e47

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日前,统计学研究中心17级博士研究生刘朝阳与建筑技术科学系赵彬教授团队合作文章《Outdoor-to-Indoor Transport of Ultrafine Particles: Measurement and Model Development of Infiltration Factor》被环境学领域国际著名期刊Environmental Pollution接收并在线发表。该论文是刘朝阳同学作为统计咨询师,通过咨询中心平台处理建筑技术科学系陈忱同学咨询申请,并同赵彬教授团队建立跨学科交叉合作所产出的学术成果。此前,统计学研究中心16级博士研究生林毓聪也曾通过咨询服务与其他院系科研团队建立合作,并于环境学期刊Environmental Science Water Research & Technology发表文章。

刘朝阳
刘朝阳在2019年10月接到建筑技术科学系陈忱同学“关于如何处理UFP(环境中的超细颗粒物)渗透系数的实验数据”的咨询申请。环境中的超细颗粒物已被证实对人体健康有严重危害,由于室内活动时长高于室外活动,故而明确室外到室内的UFP传递机制具有重要意义。在与客户的第一次会面中,刘朝阳对项目背景及客户需求进行初步了解。刘朝阳介绍到,最初客户希望采取类似多重线性回归的办法,找到影响UFP渗透系数的相关因素。但在实验过程中,因成本限制,只能选取11户住宅进行测量。基于此因素,刘朝阳从专业的数据分析及数据处理经验出发,建议客户采用混合效应模型进行数据分析更适合此项目。模型中纳入8个可能的影响因子(换气次数a、颗粒物几何平均直径μ、粒径几何标准差σ、室内环境比表面积(A/V)、室外UFP浓度、室内臭氧浓度CO3、室内温度Temp、室内相对湿度RH),通过模型分析得到换气次数a是影响最大的因子,室外UFP浓度由于凝并效应对渗透过程产生的影响不可忽略,模型预测结果表明UFP各季节平均渗透系数高于PM2.5和PM10,这也反映出在室内控制室外源UFP浓度的重要性。经过多次线下及线上咨询会议,刘朝阳成功帮助客户得到了符合项目预期的分析结果,找到了影响UFP渗透系数的关键影响因子,并在统计咨询中心主任邓柯副教授的指导下,完善了模型选择诊断部分的结果。
刘朝阳同咨询中心团队接待客户咨询
此外,刘朝阳作为清华统计咨询团队骨干成员,还参与了由海关总署委托的“境外新冠肺炎疫情流行趋势研判分析”项目。在此项目中,使用多种统计方法估计流行病动力学模型参数,估计各国新冠肺炎控制再生数并预测未来趋势,分析发展中国家疫情态势并提出针对性建议。刘朝阳与团队成员合作撰写了《境外新冠肺炎疫情流行趋势研究报告》30余期,报告质量和专业度获得了海关总署的高度肯定,在疫情防控工作中发挥了重要作用。据悉,该项目合作产生学术论文两篇,并已投稿到行业知名期刊。
刘朝阳同学因其专业出色的咨询服务被评为2019-2020年度“优秀咨询师”。当被问及经验及心得,她分享“首先是坚定专业自信心,在咨询过程中,难免遇到知识盲区,咨询中心依托统计中心强大的师资优势,在遇到知识盲区时,可以及时请教中心负责该方向研究的老师,专业实力毋庸置疑;其次是以客户需求为导向,客户来自各个学科及各个领域,咨询需求也千差万别,有的客户希望通过咨询提出建议,有的希望处理数据,无论面对任何领域的客户,都需要从客户的角度出发,以专业知识帮助客户解决核心问题;最后是保持敏锐的科研嗅觉,我们面临的咨询问题大部分是对统计知识的实际应用,但这其中可能蕴含着非常好的科研问题,对新发现问题的不断探索可以让我们的科研工作和咨询服务相辅相成。”
据了解,清华大学统计咨询中心每年会聘任优秀在读博士研究生担任统计咨询师。通过咨询中心平台“实战演练”,为咨询客户提供专业的数据分析服务。每学年会从中评选1-2名优秀咨询师,表彰其在统计咨询服务中专业和出色的表现。近几年,陆续已有超10名博士研究生加入咨询中心团队,为校内外客户提供高质量咨询服务,好评如潮,树立了“清华统计咨询”品牌。
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2020年8月31日,中国人民大学孟澄助理教授访问我中心,并做学术报告,报告的题目是“More efficient approximation of smoothing splines”.

孟澄助理教授
报告现场
与会教员合影
孟澄助理教授同中心教员座谈
孟澄助理教授同中心教员座谈
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清华大学统计学研究中心始终跟美国普渡大学统计系保持密切的学术交流与合作。尤其最近两年,统计学研究中心的精品培训课程—“统计与数据科学研修班”的优秀学员结业后,顺利拿到中心教授的推荐信,选择赴海外修读统计学硕士课程,大部分同学也把普渡大学作为第一选择。据悉,18/19两年每年都有十余名学员成功拿到普渡大学统计系录取,而普渡大学统计系亦高度认可清华大学“统计与数据科学研修班”课程的培养方案及课程质量,在研修班修读的部分课程可以直接在普渡统计系认定,免修部分学分。

近日,曾多次到访中心的普渡大学统计系林共进、朱宇两位教授同我们分享:林教授赴任普渡统计系主任以来,积极推动“Distinguished Theme Seminar Series”项目,即根据特定学科方向和主题,邀请前沿学者进行学术报告和分享,被邀请的学者都是各自领域已经取得显著研究成果的资深专家。值得一提的是,此项目将在线上对全球统计学者开放。林教授和朱教授亦希望通过清华大学统计学研究中心的平台,把这个好消息同国内的统计学者分享。

第一期的报告主题是“深度学习的方法和理论”。邀请了Lawrence Carin、Heng Huang 、Ying Nian Wu 、Ruslan  Salakhutdinov几位教授。

第一场报告将在美国东部时间8月28日下午3:30-4:30,北京时间8月29日凌晨3:30-4:30进行。

报告嘉宾是Lawrence Carin教授(Duke University)

报告题目是On Demystifying Adversarial Learning

报告时间、日程安排、讲座简介请点击链接https://www.stat.purdue.edu/theme_seminar/abstracts.html

讲座直播入口

https://www.stat.purdue.edu/theme_seminar/access.html

讲座回放入口

https://www.stat.purdue.edu/theme_seminar/recordings.html

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林乾副教授是清华大学统计学研究中心副教授,主要从事数理统计、机器学习,深度学习的数理基础。主持或参与国家自然科学基金面上项目、北京市自然科学基金重点项目、北京市智源青年科学家项目及若干项企业委托项目。因科研需要现招聘博士后1名,具体要求如下。

【招聘人员】

博士后

【研究内容】

  1. 机器学习算法的统计理论
  2. 深度学习的数理基础
  3. 金融时间序列

【招聘要求】

  1. 已获得或即将获得数学相关专业博士学位;
  2. 有较强的好奇心和较好的数学成熟度;
  3. 具有良好的英文阅读和写作能力;
  4. 有进取心,良好的沟通能力,团队合作精神;
  5. 符合清华大学博士后招聘的相关规定。

【待遇】

  1. 按照清华大学博士后管理办法执行,根据工作能力和业绩发放奖励。
  2. 综合年薪可达到30万元人民币。

有意应聘者请将申请材料(个人履历、代表作、论文专利等成果清单)发至:qianlin@tsinghua.edu.cn。注明“博士后应聘-姓名-专业-院校”。应聘者初选后通知面试,未通知面试者,不再通知。

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2020年8月17日,清华大学统计学论坛在线上成功举办,本次论坛邀请到香港中文大学统计系樊晓丹教授。报告由统计学研究中心邓柯副教授主持。报告题目是 Statistical Analysis for tree-shaped Data。

樊教授与中心教员交流
报告进行中
樊教授与中心教员云合影
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自2020年3月开始,新冠肺炎国际疫情形势日益严峻,海外输入性风险给我国的疫情防控带来巨大挑战。海关总署卫生检疫司及时组织以清华大学统计学研究中心邓柯副教授和中国检验检疫科学研究院杨宇研究员为首的多学科专家团队,成立“境外新冠肺炎疫情流行趋势研判分析专家组”,为口岸实施针对性防控措施提供支持。

邓柯教授带领清华大学统计咨询中心团队,联合中国检科院杨宇研究员团队,在清华大学科技抗疫攻关“流行病学传播预测与对策突击队”宫鹏教授、徐冰教授团队的大力支持下,开展跨部门、多学科、多领域的风险研判分析工作。研究团队实时采集整理了世界各国新冠疫情发展、传播、防控方面的大量数据;综合运用多种统计学和流行病学方法建立新冠肺炎国际疫情风险评估和趋势预测模型,及时对全球各国的新冠疫情风险、未来发展趋势和对我国影响进行系统分析;定期撰写《境外新冠肺炎疫情流行趋势研究报告》30余期。

海关总署卫生检疫司于2020年8月11日为研究团队出具了《成果应用证明》,指出相关工作为监管部门及时掌握全球疫情动态和发展趋势,有针对性地指导全国口岸做好疫情防控工作,提供了关键技术支持;为实现科学精准的疫情防控做出了重要贡献。

清华大学统计学团队深受鼓舞,将以更加饱满的工作热情和更加严谨的科学态度,积极参与到关系国计民生的重大课题研究,运用数据科学技术保障人民健康。

成果应用证明及研究报告

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近日,由我中心执行主任、长聘副教授邓柯领衔清华大学统计咨询中心团队承担的研究项目——“市场销售食品安全评价性抽检方法研究与应用”通过国家市场监督管理总局结题验收。该项目受国家市场监督管理总局委托,力求以我国食品安全抽检数据为基础,研发制定适合我国监管需求的食品安全状况评价模型、抽样方法以及相应的实施和应用细则。项目成果获国家市场监督管理总局高度评价,成功应用到2020年度的国家食品安全评价性抽检工作当中。

项目研讨会 市场监督管理总局段永升司长出席并参与讨论

2017年起,邓柯教授团队就与国家市场监督管理总局展开深入合作,围绕食品安全问题开展一系列课题研究。

2019年6月项目组成员随同市场监督管理总局工作组赴地方调研

项目组在充分调研国内外已有研究成果的基础上,充分考虑到我国食品安全现状、监管模式以及监管部门对“评价性抽验”的业务需求,以年度评价性抽检历史数据为基础,综合利用多种数据资源,运用稀疏数据分析的统计学理论和方法,研发了适合我国国情的食品安全状况评价模型,建立了可支持多维度、多视角研判的食品安全综合评价指标体系。以该模型为基础,项目组还运用抽样调查的统计学理论和方法,在项目协作单位中国肉类食品综合研究中心臧明伍研究员带领的团队支持下,制定了在全国范围内实施评价性抽检的抽样计划和实施方案细则,在检测资源有限的条件下最大程度保证抽样的科学性、代表性和可操作性。相关研究成果获得国家市场监督管理总局高度认可,已在全国范围内的食品安全监管工作中推广应用。

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2020年8月11日,清华大学统计学论坛特邀报告在腾讯会议平台成功举办。本次报告邀请到华东师范大学张日权教授,报告由清华大学统计学研究中心的杨立坚教授主持。本次报告的主题是“函数型数据统计分析”。

张日权教授
张教授与与会教员在线合影

 

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2020年8月,国际知名统计学杂志 Statistica Sinica 产生新一届编委,我中心执行主任、长聘副教授邓柯受邀担任杂志副主编(Associate Editor),任期三年。

Statistica Sinica 创办于1991年,是“泛华统计学会”(International Chinese Statistical Association)的会刊。创办近30年来,发表了大量国际统计学届的重要研究成果,是具有广泛国际影响力的综合性统计学理论期刊。

Statistica Sinica 官网链接:

http://www3.stat.sinica.edu.tw/statistica/

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